S VE300 jsem nikdy neměl potíže a kdyby neodešel konektor...
Jinak, bootovací disky (i flashky) vytvářím tak, že napřed alespoň část přenuluji - tím se zničí veškeré rozdělení a nějaké pozůstatky nepřicházejí v úvaha. Potom nahraji základní soubory (jak bootovací, tak .iso) a defragmentuji (grldr, který používám, to vyžaduje), takže potíže s fragmentací také nemohou být.