1. musíš vědět v jakém kódování soubor ukládáš bez ohledu na program
2. musíš vědět, jak se daný program chová a kde to nastavíš

Zbytek je problém (bordel, jak to nazýváš) mezi klávesnicí a židlí. V Notepad++ se ti soubor otevře špatně, protože se jej snažíš otevřít v UTF-8 a on v UTF-8 kódovaný není.