NTFS je bez problému, ale linux je schopný spáchat zvěrstva, se kterými má pak windows problém. Linux rozlišuje velikost v názvech souborů, pro něj soubor a Soubor (a vairací je pochopitelně víc) jsou úplně jiné soubory, windows je z toho potom zmatený. Druhá věc je množina zakázaných znaků, která je ve windows bohatší (linux dovolí klidně v názvu souboru otazník (?), dvojtečku (:), trubku (|) a možná i další), nevim jaké jsou zakázané znaky v linuxu (předpokládám, že lomítko), ale je to množina odlišná od windowsu a pak je s takovými soubory problém (windows je neotevře). Podobné je to s FAT (na fleškách), myslím že tam nedovolí rozdílnou velikost písem. Nevim, jestli se to dá nějak řešit preventivně (názvy souborů nevymýšlím, takže když jsou v azbuce nebo japonském písmu, tak je tak mám a stejně když se tam objeví třeba otazník (časté u html, kde mozila přebírá titulek stránky))