Taky jsem s tímto problémem u některých disků bojoval. Když jsem se podíval do sledování prostředků (disková aktivita), zjistil jsem, že se systém hrabe v systémových tabulkách NTFS ($Mtf, $Extend). Nevím, jak se tomu dá zabránit, já ho nechám blbnout a on se tak po 10-15 minutách uklidní. Pokud se do toho nějak zasahuje, jen se ta doba prodlouží.