Je možné zálohovací programy nastavit tak, aby se zálohovací disk aktivovali pouze v uživatelem nastavenou dobu

Pokud zálohovací program umožní spustit dávku před vlastním zálohováním a po něm, pak můžeš použít DISKPART a disk dát do ONLINE před zálohováním a do OFFLINE po zálohování.

Zálohovat při vypínání počítače není dobrý nápad - zálohování trvá nějakou dobu a systém věci, které se spustí např. při vypínání systému po nějaké době odstřelí. Takže s největší pravděpodobností by byla poškozená záloha.

To, jestli se budou změny zrcadlit online nebo na vyžádání záleží na zálohovacím programu a jeho nastavení.
Pro zálohovací program není problém pracovat s shadowcopy, takže je schopný zálohovat i soubory, které používá jiný program, takže ani záloha na vyžádání při práci není vyloučená.