který má velice málo funkcí, protože byl naprogramován v PHP

Ony i ty ostatní - Shoptet, WordPress atd jsou naprogramovány v PHP.
Ale protože je to prefabrikovaný systém, tak jeho součástí je i modul, který řeší správu a nastavování systému formou webové stránky. Není to žádné řešení, které by se k systému dokupovalo.

Buď si necháš naprogramovat e-shop na míru, což je drahé řešení nebo použiješ nějaký hotový systém.