Tohle ale taky řádky nevloží, nýbrž načte soubor (který tam nemáš uvedený) a vykoná ho. https://docs.python.org/3/library/functions.html#exec

Aplikace se píšou tak, že se rozdělí na jednotlivé logické knihovny a importujou se ty knihovny, nikoli náhodné kusy kódu.

Knihovny se udržují příčetně malé a v rámci nich používám foldování, takže většina zdrojáku je sbalená a jsou vidět jen ty části, které je potřeba editovat (tedy třeba jen pár řádků z jedné metody v jednom viewportu a pár z druhé v jiném).

Což ostatně asi platí pro většinu jazyků (ať už různých asseblerů, nebo jazyků čtvrté generace - technické provedení různé, princip stejný).

Jinak aplikace s několika tisíci řádků ještě nejsou zdaleka ty velké.
Sám (osobně a singl) jsem napsal, odladil a provozoval aplikaci, co měla přez 560.000 řádků v pythonu (ostatní jazyky nepočítaje) a nebylo to nic nepředstavitelně velkého.
Samozřejmě to nebyl jeden megasoubor ale asi 75 balíčků přímo instalovatelných a spravovatelných (tedy updaty, hlídání verzí a závislostí a tak) systémem, přičemž většina z nich měla víc než jednu knihovnu a většina knihoven exportovala víc než jednu třídu.
(A samozřejmě k tomu navrch wiki pro dokumentaci, bugzilla pro trasování chyb a požadavků atd. atd.)