Předpokládám, že máš každý operační systém na jiném oddíle. Potom nabootuj do žádaného OS a tomu druhému prostě vymaž adresář Windows, Program Files a Document and Settings (o případném Pagefile.sys a Hiberfile.sys nemluvě). Až bude vymazáno (případná data zajisté moudře zazálohuješ), tak stačí v C:\Boot.ini vymazatat odkaz na nežádoucí OS, aby se stále nepodbízel. Já bych volil přímou editaci (pozor, soubor je Skrytý a Systémový), lze to ale udělat např. pomocí Msconfig.