Systémový disk bývá většinou Disk 0, netuším, proč tam máš HDD. Zřejmě jsi při instalaci ostatní disky neodpojil.
A že se ti všechny soubory a složky na discích tajně prohodily tomu snad sám nevěříš. Protože i kdyby se to stalo, tak na přesun systémových složek by se Windows zeptaly a zřejmě by i chtěly heslo správce. A taky by asi měly ty složky nové datum a přesun stovek GB by nebyl tajně hotový za pár minut během nějakého vypínání PC.
Tohle spíš vypadá, že máš systém na dvou discích a ani nevíš, který bootuješ.