Mám disk rozdělený na dva partitions C a E...

asi nechápeš že to jak mají disky pojmenované windows, nutně nesouvisí s tím jak jdou po sobě na disku (viz tvůj případ).
a když nabootuješ z cd s nástrojem pro zálohu disku nebo vytváření a změny partitions, záleží zase na nich zda je pro ně souborový systém viditelný a přiřadí mu postupně nějaké písmeno, bez ohledu na to že ty ses rozhodl (nebo spíš po dodatečném vytvoření druhého oddílu se rozhodly windows za tebe) že pod windows je pořadí písmen jiné.
pokud tě jako většinu home-administrátorů nenapadlo si vyplnit label disku (jméno), může se ti stát při pokusu o zálohu nebo změnu partition že si zrušíš jiný oddíl než jsi chtěl.
pokud s tím máš problém, není nic jednoduššího než si vlézt do správce disků (pravým myšem na tento pc - spravovat - správa disků) a tady si jednak změnit cd/dvd na nějaké chytřejší písmeno, ať se ti necpe mezi logické disky, externí disky, flashky, apod. - třeba na x:
potom si posuň písmeno druhého oddílu na d: - a už jsi hepy
a pro jistotu si ještě vyplň label u všech logických disků