řekl bych,že ti to při startu šáhne na disk 1) přečte to a boot.ini a nastartuje to z druhého disku. ten fixboot a fixmbr tomu nepomůže. porovnej oba boot.ini na obou discích a případně sem vlep.

Vem v úvahu že start windows začíná z nějakého disku a potom přes boot.ini pokračuje dál (klidně na jinej disk)
Jakékoliv písmema jsou irelevantní.Po načtění registrů to je s cestama tak, jak jsou to uloženy v registrech.
Jakmile je jednou v registrech něco uložený tak s tím nehneš.Viz - http://www.opc.unas.cz/view.php?cisloclanku=200312 1401 (bez záruky, testoováno v době sp1,už nemusí fungovat)