Pokud chceš TC spouštět s jiným Wincmd.ini, tak ho spouštěj s parametrem /i=cesta_k_wincmd\WinCmd.ini.
Pochopitelně, za to "cesta_k_wincmd" si dosadíš cestu ke svému Wincmd.ini. Můžeš u toho využít proměnnou%COMMANDER_PATH%, která odkazuje na adresář TC. V tvém případě bude tedy celý příkaz ke spuštění Total Commanderu vypadat takto:
C:\totalcmd\TOTALCMD.EXE /i=%COMMANDER_PATH%\WinCmd.ini