Proč by nemohl? Samozřejmě, NTFS je daleko vhodnější (pokud to operační systém dovoluje), ale FAT32 není překážkou. Pochopitelně, pokud tam budeš instalovat cokoliv od Windows 2000 výše, tak neváhej a dej tam NTFS (ostatně - instalátor to umožňuje při instalaci).