Poněkud se mýlíš v analýze příčin. Kterýkoliv disk v počítači může mít oddíl s příznakem aktivní a ničemu to nevadí. Pouze, pokud je ten který disk nastaven jako bootovací, tak se počítač snaží z něho botovat - a nenalezne-li na disku oddíl z tímto příznakem, ohlásí tobě tak důvěrně známou hlášku. A jestli je přitom na jiném disku nějaký oddíl s příznakem aktivní, je naprosto lhostejné. Tvůj výrok "kolize dvou "aktivních" pevných disků" je tedy mylný.