Takže export prebehol zrejme v poriadku. Neviem v akom kódovaní to otvoril ten Notepad, skúsil by som si to overiť v nejakom slušnom textovom editore (www.pspad.com).
Ešte by ma zaujímala odpoveď na tú druhú otázku: Keď si to importoval ako cp_1250_bin, tak Tvoja aplikácia (nie phpMyAdmin) tie dáta prečíta v poriadku?
Ak nezvláda PhpMyAdmin import zo súboru, hoci nastavíš správne kódovanie, tak by som skúsil vykonať to exportované SQL buď priamo v PhpMyAdminovi ako klasický SQL príkaz (prípadne PHP skriptom).

edit: aha, tak vidím, že si to už vyriešil