tady jsem kdysi psal hodně podobný skript:
http://pc.poradna.net/question/view/43896-soft-na-h romadne-prejmenovani-souboru-v-adresari-podle-nazvu -adresare
myslím, že stačí jen pár menších změn a je to hotovo.
Nicméně: tohle by měl zvládnou TotalCommander, buď pomocí funkce "porovnat adresáře" (a následně pomocí klávesy "/" na numbloku přepnou selekci) nebo pomocí "synchronizace adresářů" (ale důežité je nedovést to v tomto případě do konce )