Zkoušel jsi příkaz Convert.exe přímo z Windows, který dokáže převést disky z FAT32 na NTFS, dokonce bez ztráty dat ?
Jsi si jistý, že disky jsou nafrmátovány jako FAT32 a že nejde o dynamické disky ?

Zkus si spustit Správu počítače -> Správce disků. am máš možnost zrušit oddíly, vytvořit nové oddíly a disky naformátovat.