Klidně to může být realizováno i více dotazy.
Hlavně abych se posunul k "cíli"

Zatím jsem zkončil u tohoto:
(využívám rozšíření CsvHelper)

            string path = "newFile.csv";
            string path2 = "newFile2.csv";

            if (!File.Exists(path)) throw new FileNotFoundException(path);
            IEnumerable<CustomClass> records1 = ReadRecords(path);  // načte první soubor

            if (!File.Exists(path)) throw new FileNotFoundException(path2);
            IEnumerable<CustomClass> records2 = ReadRecords(path2); // načte druhý soubor

            var records1L = records1.ToList();  // převede do LINQ

            var records2L = records2.ToList();  // Převede do LINQ
           /* Následující kód by měl zjistit "diference", tedy to co není v souboru1, ale je v souboru2
Bohužel to hlásí: 
            The best overloaded method match for 'System.Collections.Generic.List<Ale.Form1.CustomClass>.Contains(Ale.Form1.CustomClass)' has some invalid arguments */
            var textRecordsNotInFirstFile = records1L.Where(t => !records2L.Any(t.vendor_mat_number != )).ToList();   

            TextWriter writer = File.CreateText("diference.csv");
            using (var csvWriter = new CsvHelper.CsvWriter(writer))
            {
                csvWriter.WriteRecords(textRecordsNotInFirstFile);  // mělo by zapsat rozdíly do souboru
            }