Nastavení desetinného oddělovače ve VBA nenajdeš, protože tam žádné není - je jen v Excelu a VBA jej bohužel nepřebírá. A obávám se, že nepřebírá ani nastavení z Windows, má to tam asi dané natvrdo...
Nicméně - teď jsem si zkusil do Excelu 2007 načíst pár čísel v tom formátu, co máš (tj. s tečkou jako oddělovačem tisíců a čárkou jako desetinným oddělovačem), a nic takového, co píšeš (... U nich nahradil prázdnym znakom desatinnú čiarku (?!?) a týmpádom mi z pôvodného napr 37,80 urobil 3 780,00) jsem nezaznamenal!
Použil jsem tenhle vygenerovaný příkaz pro nahrazení:

Range("A1:A10").Select
Selection.Replace What:=".", Replacement:="", LookAt:=xlPart, _
    SearchOrder:=xlByRows, MatchCase:=False, SearchFormat:=False, _
    ReplaceFormat:=False