Pokud provadis dotaz nad vice tabulkami, musis v tabulce uvadet v pominkach i jmeno tabulky. To jsi neudelal.
Dale je vhodne specifikovat pole, ktere ma dotaz vratit. Nema smysl vracet ID ze vsech tabulek, protoze tam budou 2x.

select Pracovnik.Meno, Praca.Nazov, Praca_pracovnik.Priorita
from Praca_pracovnik, Pracovnik, Praca
where Pracovnik.ID = Praca_pracovnik.Pracovnik_ID and
  Praca.ID = Praca_pracovnik.Praca.ID and
  Pracovnik.Skryt = False and
  Praca.Skryt = False and
  Praca_pracovnik.Skryt = False
order by Pracovnik.Meno