Můžeš zkusit snížit toleranci u Replace, defaultně je tam 10%. Pokud to nepomůže (barvy jsou opravdu v RGB na číslo stejné), pak bude potřeba barvu na žádaných místech upravit tak, aby byla jiná, tzn. v RGB bude mít jiný kód, stačí o jedno číslo. Rozdíl pro oko bude neznatelný, při nulové toleranci u Replace to ale postačí.
Část plochy stejné barvy bych měnil za pomoci masky a vrstvy, což nevím, jestli v LO Draw jde. V Gimpu bych prostě část plochy se stejnou barvou, ale v místech, kde nechci průhlednost, vybral maskou (stačí i nepřesně, protože budeme měnit jen jednu barvu), vložil do nové vrstvy a v této vrstvě bych žádanou barvu upravil. Pak vrstvy opět sloučit s tím, že tato upravená vrstva překryje základní a na výsledku bych teprve nastavoval průhlednost pro okraje.
Možná trochu kostrbaté, ale takhle jsem podobný problém u obrázku, který jsem neměl vě vektorech, ale jen v bitmapě, řešíval běžně.

edit: Nebo prostě zkopírovat celý obrázek do nové vrstvy. V této vrstvě změnit komplet barvu pro průhlednost, pak vybrat maskou v této nové vrstvě jen místa, kde chci barvu zachovat (neprůhlednou), zbytek smazat a následně zase sloučit vrstvy, stejně, jako v prvním případě. V podstatě je to to samé.