Pokud to s indexy přeženeš, tak zase zpomalíš veškeré insert/update/delete operace.
Ladění databáze je trochu alchymie. Musíš vědět, jak se chová databázový stroj, jak používá indexy - tohle je základ.
Pak musíš navrhnout indexy podle použití - snažit se co nejoptimálněji.
A za nějakou dobu se k tomu vrátit a zkontrolovat, protože databáze se chová jinak, pokud je v tabulce pár vět a když jsou tam statisíce nebo miliony vět - mění se statistické rozložení dat. A některý index pak třeba vůbec nemá smysl - např. na sloupci, který nabývá 3 hodnot a v tabulce je velké množství dat.