Teď jsem to vylepšil ještě takhle:

 if (Timer.Enabled == true)  // Pokud Timer skutečně běží
                Timer.Stop();            // Zastav jej a pokračuj... :
            Console.WriteLine("Prohledavam databazi...");

            ProcessStartInfo start = new ProcessStartInfo();
            // Enter in the command line arguments, everything you would enter after the executable name itself
            start.Arguments = "-f d:\\Programy\\EasyPHP-Devserver-17\\eds-www\\telnet\\skript.php";
            // Enter the executable to run, including the complete path
            start.FileName = "d:\\Programy\\EasyPHP-Devserver-17\\eds-binaries\\php\\php5630vc11x86x190305170114\\php.exe";
            // Do you want to show a console window?
            start.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden;
            start.CreateNoWindow = true;
            int exitCode;


            // Run the external process & wait for it to finish
            using (Process proc = Process.Start(start))
            {
                proc.WaitForExit();                     // čekej, pozastav vlákno, dokud se spuštěný proces neukončí !
                // Retrieve the app's exit code
                exitCode = proc.ExitCode;
            }

            Console.WriteLine("Prohledavani dokonceno.");

            if( Timer.Enabled == false)       // Pokud je Timer vypnutý, zapni jej opět
            Timer.Start();