Comandline je bez problémů (teda aspoň pokud jde o češtinu, azbuku nebo japonské znaky rozhodně ten windowsovský nebere, to umí jen ten linuxový), jen se musí ten bat uložit se správným kódováním (latin2 nebo 1252 či co už nevim, ale to se lehce vyzkouší). A lepší než poznámkový blok je na to PSPad, který to umožní.
Já jsem něco podobného, ale složitějšího řešil před časem. Šlo o to, že mám program, který načítá názvy souborů ze standardního vstupu (stdin) a dělá s nima něco (v tomto případě výpočet nebo kontrola crc ale to je úplně jedno, jde o to, že se k němu ten název musí dostat). Program je konzolovou aplikací, takže očekává kódování windows, i když funguje na příkazovém řádku. Ten standardní vstup jsem normálně přesměrovával na soubor, kde jsem právě musel použít správné kódování češtiny. Ten soubor vznikal jako:

dir *.* /s/b > seznam.txt

ale pak jsem právě musel převést češtinu z latin do windows. Na to jsem měl jinou aplikaci, která stdin překlopila na stdout s převedenou češtinou, ale ta nefiungovala v 64 bitových windows (vůbec nechápu proč), tak jsem to provizorně dělal ručně, než to zkompiluju pro 64 bitů. Předtím to bylo jen zřetězení tří programů, poté jsem ten prostřední článek musel dělat ručně.
Po několika letech mě to přestalo bavit, tak jsem hledal jak z toho ven, aniž bych musel provádět archeologický průzkum (tu sadu aplikací jsem dělal odhadem nejpozdějc roku 2005 a bylo by snad rychlejší to udělat znova než dohledávat zdrojáky). A našel jsem. Do dávkového souboru jsem přidal příkaz mode (něco jako mode con cp 1250), kterým nastavuju češtinu na windowsovskou (to by byl jiný způsob, jak se s tím poprat - přizpůsobit příkazový řádek souboru a ne soubor příkazovému řádku). Zobrazuje se sice jako hatmatilka, ale hlavní je, že se domluví.