Zoradíš dvojice [x, y], vygeneruješ tabuľku a zobrazíš:
1) Pre pridávanie riadkov a stĺpcov a ich plnenie hodnotami potrebuješ document.createElement, document.appendChild a document.createTextNode.
2) Ako preniesť hodnoty do premennej z tabuľky? Nerozumiem otázke. Ak chceš zmeniť napr. text v bunke tabuľky, použiješ metódu replaceChild alebo zmeníš priamo vlastnosť data.
3) Na mazanie môžeš použiť removeChild.

Treba tabuľku meniť postupne - nestačí ju po zmene hodnôt jednoducho pregenerovať?

Napr. (predpokladám, že v dokumente je stará tabuľka s id="table"):

function refreshTable ()
{
	// dvojice [x, y]
	var hodnoty = [[7, 9], [12, 11],[3,12],[33,10],[55,13],[14,2]];
	
	// zoradenie dvojic
	hodnoty.sort (function (a, b) {return (a [1] - b [1]);})

	// vytvorenie tabulky
	var table, tbody, tr, td;
	
	table = document.createElement ("table");
	table.id = "table";
	table.border = 1;
	table.appendChild (tbody = document.createElement ("tbody"));
	
	for (var j = 0; j < hodnoty.length; ++j)
	{
		tbody.appendChild (tr = document.createElement ("tr"));
		
		for (var i = 0; i < hodnoty [j].length; ++i)
		{
			tr.appendChild (td = document.createElement ("td"));
			
			td.appendChild (document.createTextNode (hodnoty [j] [i]));
		}
	}
	
	// nahradenie starej tabulky novou
	var el = document.getElementById ("table");
	el.parentNode.replaceChild (table, el);
}