Jáj, ty si myslel zavretie excelu, nie zošitu.

momentálne vidím 2 možnosti:
Môžeš použiť "Application.Quit" na zavretie celého excelu, ale tvoje riešenie nie je zlé, akurát by som prehodil kroky takto (netestoval som to):

ActiveWorkbook.Save
fName = "D:\záloha\" & Range("S7").Value
newFile = fName
ActiveWorkbook.SaveAs Filename:=newFile
ActiveWindow.Close
Workbooks.Open Filename:="C:\Users\Marek\Desktop\Faktura.xls"