Dovolím si citovať zo stránok pcsvet.cz :

Defragmentace disku

Víte co je fragmentace souborů? K dopracování se k odpovědi na tuto otázku je nutno pochopit samotný princip ukládání dat na pevný disk a to především u souborových systémů FAT (tedy FAT12, FAT16, FAT32). Systém souborů NTFS je totiž proti fragmentaci mnohem odolnější.

Na pevný disk se zapisuje do tzv. clusterů (velikost většinou 512 B), které na sebe navazují. 512 KB soubor se tedy zapíše přibližně do po sobě jdoucích 1000 clusterů (základní jednotka pevného disku). Toto je výhodné, protože disková hlavička nemusí skákat po celém disku, aby mohla data přečíst. Pokud budeme chtít zapsat na disk data, zapíší se do nejbližších volných clusterů od začátku disku. Pokud však bude velikost zapsaných dat větší než kolik se do těchto po sobě volných diskových jednotek vejde, musí zapisovací hlavička přeskočit již zapsaná data a zapsat zbylá data (která se před ta dříve zapsaná nevešla) až za ně.

Tento stav vzniká častým kopírováním, mazáním, instalováním nových programů nebo odinstalací těch stávajících a nazývá se fragmentace souborů - pokud nyní chceme přečíst daný soubor musí disková hlavička přeskakovat některé clustery, které zrovna přečíst nepotřebuje, což zrovna k efektivitě práce nepřidá.