Ako sa to vezme.
Pri SSD diskoch by skôr uškodil. Pri platňových pomôže, ale iní písali - všetkého veľa škodí. Takže defragmentácia platňového HDD by sa mala vykonávať len v nevyhnutných prípadoch, keď celková defragmentácia presahuje od 25% a viac - inak nie je potrebná.
Prečo?
U platňového HDD sa všetko zapisuje do clusterov a do sektorov. A tak sa môže stať, že súbor má jednu časť v jednom clusteri na niektorom sektore a druhá časť je na inom clusteri a sektore (a to aj na opačnej strane platne). Pri načítavaní tak musí hlavička kmitať ako besná, aby rýchlo načítala všetky časti súboru. Defragmentáciou sa dosiahne to, že časti súboru, rozložené kade tade po clusteroch a sektoroch, sa začnú (aplikácia/nástroj sa o to snaží) jeden za druhým, aby boli čo najbližšie pri sebe, najlepšie jedna časť za druhou, aby hlavička čítala kontinuálne a nelietala ako včelička.
Je to podobné, ako keby si mal z viacdielnej knihy jednu časť v skrini na jednej polici, druhú časť v inej skrini na inej polici, tretiu časť zase niekde na stole v zásuvke - defragmentácia v tomto prípade by bola, že všetky diely knihy by si dal do jednej skrine na jednu poličku, aby boli pekne spolu.

Poznámka - vstavaný nástroj v OS to síce dokáže, ale nie je tak efektívny. Nástroje tretích strán majú už preporacovanejšie algoritmy na ukladanie, majú i ochranu pred presúvaním dôležitých súborov na HDD (napr. MFT) - tie sú permanentne označované ako executable (teda nástroj na ne nemôže pristupovať). A používam O&O Defrag full verzia (zaplatil som si ) a tak viem, že tie "nedotknuteľné" súbory obchádza (nepristupuje na ne, nepresúva).