Hezký článek o klonování Linuxu je tady: https://www.root.cz/clanky/klonovani-linuxu-aneb-prenasime-cely-system/

Pozor, vě většině distribucí je v souboru /etc/fstab mountování disků podle UUID, což se může při klonování změnit. Já obvykle změním fstab náslkedujícím způsobem (zakomentářované jsou původní povely):

# UUID=ede55a30-540c-4bff-890d-41302fab532f /       ext4    defaults   1 1
# UUID=039c3ea0-f0f5-423f-a2ac-6493348b213c /boot   ext4    defaults   1 2
# UUID=dfb92eeb-19cd-454f-a73e-463e8dd3b17d /home   ext4    defaults   1 2
# UUID=160fc611-8c29-42bb-8d80-be9dc1ba0d4b swap    swap    defaults   0 0

LABEL=Root_F27         /                            ext4    defaults   1 1
LABEL=Boot_F27         /boot                        ext4    defaults   1 2
LABEL=Home_F18         /home                        ext4    defaults   1 2
LABEL=Swap_F27         swap                         swap    defaults   0 0

Tím mám zajištěno, že se to chytne podle návěští disku a ne na UUID. Pak kopíruji celý disk příkazem dd. Nemusí se to někdy nabootovat, protože UUID je také nacpané v zabaleném jádru v /boot/initramfs což je obraz ram disku, ze kterého se bootuje. Buď nasát systém z flešky a chroot změnit na klonovaný disk a udělat novou instalaci grubu příkazem grub-install, nebo taktéž po chorot udělat mkinitrd. Pak by klonovaný disk měl běžet.