Neni potřeba se tím zabývat. Tuto složku vytvářel už XP, ten ale jen na pevných discích. Pod linuxem jde smazat normálně $recycler i SystemVolumeInformation (zase tam nejde smazat třeba linuxový koš - adresář .trash), ale windows je stejně při dalším připojení vytvoří znova.
Jediná prevence je ochrana proti zápisu (to mechanické šoupátko na SD kartě) za předpokladu, že jej čtečka respektuje (setkal jsem se s několika, které i na takto chráněnou kartu bez ostychu zapisují).
Pokud přijmeme koncensus, že windows je virus (vtipů na toto téma je plný internet), pak by odvirování spočívalo v jeho přeinstalaci na nějaký systém, který nevykazuje známky chování viru, ale předpokládám, že to nemá být cílem snahy.
Je tu určitá, byť malá pravděpodobnost, že se opravdu do toho adresáře schoval virus, ale pak by musel mít nějaký mechanizmus, jak by se spustil (třeba soubor autorun.inf), pokud teda windows nějaké soubory v tom adrsáři nevykonává samovolně, natolik windows neznám. Setkal jsem se s tím, a šířilo se to dost, tam se virus schovával ve složce $recycler a autorun.inf se tehdy v XP z flešky nedal zakázat (za to windows 9x ho ignoroval, díky tomu jsme to doma neměli), mám pocit, že to šlo až v sedmičkách. Přítrž tomu učinila až avira, avast i avg klidně nechal počítač zavirovat a řval až při zavirovávání další flešky. Dodněška nevim, co ten virus dělal, kromě toho, že se šířil mezi fleškama a ukrýval se v plánovači úloh jako událost při vložení disku (odvirování teda bylo docela snadné).
Takže smířit se s tím (obvykle to ničemu nevadí, u menších karet (<2GB) mohlo vadit zabrání několika položek adresáře, u větších tento problém neni, protože u FAT32 je hlavní adresář nafukovací stejně jako všechny ostatní). Určitě to nezpůsobuje pomalost počítače.