Pokud se na to USB zkopíruje celý ten obraz (ideálně včetně mbr tedy nejenom kopie oddílu s diskem C ale opravdu celý disk komplet), tak by neměl být problém. To jsem už vícekrát dělal, i když když o tom tak přemýšlím, tak se to týkalo linuxu ať už na PC nebo na raspberry. Pro windows to bývala spíš kopie dožívajícího disku na nový, který zaujmul jeho místo, nešlo o bootování z usb. Nevím jak je to s UEFI, s tím nemám zkušenosti.
Jinak by to mohl řešit nějaký bootloader, který by ten obraz windowsu předkládal jako disk, ale je otázkou, co se stane, až windows bude chtít převzít kontrolu nad tím diskem. Když bude obraz zkopírovaný na flešku, tak by to pro windows neměl být problém (jemu je přece jedno, z čeho čte sekvenci sektorů), ale pokud je tam nějaký prostředník, tak by musel být udělaný tak, aby windows neměl problém se bavit s virtuálním diskem přes něj a to podle mě nemůže přes uefi projít (protože právě takovému podvržení by mělo bránit).

Na co na vytvoření klonu proboha potřebujete aplikaci, na to přece stačí v linuxu na příkazový řádek zadat sudo cp /dev/sda soubor.img a jde to i naopak (ze souboru na disk), ale je potřeba před odsouhlasením si ověřit správnost cíle. Jednou jsem si tak zrušil flešku, když sda nebyla cílová sd karta (ta byla sdb) ale právě ta fleška. No ono se tak nestalo, jen jsem ji pak měsíc nemohl v ničem zformátovat (pomohl až XP u kterého jsem kolegovi vysvětloval, co jsem udělal za blbost a ukazoval mu, jak s tím nic nejde, a fleška se krásně zformátovala a funguje dodnes). Je fakt, že ve windows to taky bez aplikace neumim, tak jako neumim spoustu věcí, které umim v linuxu (a protože linux používám primárně už řadu let, tak se seznam rozrůstá), je fakt, že existuje i pár věcí, které naopak neumim v linuxu.