Jinak jsem myslel, že když ukládám data "souvisle naráz" tak to hned háže vedle sebe, ale možná to zapisoval nějak od konce a fakt nevím jak ten algoritmus defragmentace funguje a možná je k ničemu

No - veľmi sa mýliš. Na platňový HDD sa takto súbory neukladajú. Pokiaľ sa ukladajú, tak sa vždy zapíšu na dostupné voľné miesto na disku a urobí sa záznam v tabuľke (aby sa vedelo, kde sú potrebné časti súboru uložené. Pokiaľ sa pozrieš na výraz alokačná jednotka https://blog.webtech360.com/sk/hardver/co-je-alokacna-jednotka/33307255 - je to veľkosť bloku, kde sa ukladajú jednotlivé časti (v danej veľkosť al.jedn. napr. 4kB) - takže napr. súbor 10kB sa uloží na TRI alokačné jednotky (1.=4kB, 2=4kB, 3=2kB a tie zvyšné 2kB budú prázdne, ale jednotka je už obsadená celá). A keďže sa často zapisuje, premazáva, vznikajú tie voľné miesta, ale do nich sa nedá už zapísať, tak sa hľadá miesto inde - hoci na konci, v strede disku. Tomu sa vraví fragmentácia - súbor nie je zapísaný za sebou - je rozhádzaný po disku. A potom hlavičky lietajú hore-dole, ako to čítajú. Defragmentáciou sa zoberú všetky kúsky súboru, uložia sa na disku v jednom kuse a potom sa začnú na uvoľnené miesto, ktoré vznikne, ukladať za sebou. A pokiaľ máš tisíce malých súborov - tak to trvá dlhšie, defragmentácia na vytvorenie miesta musí pospájať viacero súborov k sebe, vytvoriť dostatok miesta a potom ich v celku nahádzať na nové miesto.
Ja na 1TB HDD mám cca 30000 súborov, ktoré majú svoje podadresáre, v ktorých sú ďalšie súbory - odhadom cez 250000 malých súborov - lenže mám zapnutú automatickú defragmentáciu toho HDD a pracuje len vtedy, pokiaľ nie je vyžadovaný na ten HDD prístup (hlavné veci mám na SSD) - takže pokiaľ toto píšem, HDD na pozadí sám defragmentuje a ani o tom neviem. A stupeň fragmentácie mám stále 0%.